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根据水质检测的要求，主要可以将检测项目分为常规指标检测和非常规指标检测，新国标也都对其进行了相应的调整。毒理学原有的指标项目也进行了相应的增加，如：无机化合物从原有的10项增加至21项，有机化合物从原来仅有5项增加至53项，还有剂、微生物指标等也都有所增加，这些新增的项目从很大程度上反映了我国如今对水质安全的重视。新国标项目的设置完全符合当今国际上的饮用水水质标准项目增加的趋势，并且已经基本与国际先进水质标准接轨。
对城市集中式供水单位的采样点选择、检测项目和频率、合格率计算方法要求必须按照建设部的行业标准城市供水水质标准（CJ/T206-2005）执行，检测项目与频率如下：
1）水源水
常规检测包括：氨氮、色度、浑浊度、臭和味、肉眼可见物、总数、总大肠菌群等，每日至少检测一次。
2）出厂水
常规检测包括：余氯、色度、浑浊度、肉眼可见物、总数、总大肠菌群等，每日至少检测一次。全部常规指标和非常规指标中可能含有的有害物质检测，每月至少检测一次。全部非常规指标，以地表水为水源时，每半年检测一次，以地下水为水源时，每一年检测一次。
3）管网水
常规检测包括：余氯、色度、浑浊度等，每月检测两次以上。常规指标全部项目和非常规指标中可能含有的有害物质检测，每月至少检测一次。
完善的水质检测质量保证措施，是一种保证分析数据准确可靠的方法，也是科学管理实验室的有效措施。它可以有效地提高水质监测的质量，为建立和完善质量管理体系做保障。现阶段，我国水质检测质量控制主要从采样点位置、实验样品的采集和运输、样品存储、实验室分析及分析结果的报告等全过程进行质量控制，确保每一个可能影响分析结果的环节都得到有效控制，从而保证水质样品分析结果的准确可靠。
